永康二年正月，初一，大赦天下，西戎校尉阎缵到皇宫前上书，认为：“前汉太子刘戾拥兵抗拒汉武帝的命令，而其太子的罪过应当受笞刑而已。比起刘戾还要轻得多，应该重新为太子选择师傅，先加以严厉的教诲，如果还不悔改，再抛弃他也不晚。”书奏呈递上后，晋惠帝没有看。贾后大怒将阎缵以辅太子谋反之名下狱。贾皇后又安排了一个宦官自首，谎说是打算参与太子的叛乱。惠帝下诏令，让把这份自首文字在公卿大臣间公布，并派司马澹率一千兵卒看押太子，幽禁于许昌宫，命令持书御史张振携带符节看守。还下诏令说，太子周围的臣僚不能与太子辞别送行。洗马江统、潘滔，王敦、杜蕤、鲁瑶等人冒犯禁令被贬谪，流着眼泪向太子辞别。司隶校尉张启将江统等人逮捕送到牢狱。其中被押送到河南牢狱的人。新任河南尹的乐广知道他们本身并无罪，把他们全部释放送走。被押送到洛阳牢狱的人，都还没有释放。都官从事孙琰对贾谧说：“所以把太子废黜遣送，是因为他作恶多端。现在太子东宫的臣僚冒着犯罪的危险与太子告别，而对他们严厉处罚，这事广为流传，反而宣扬了太子的美德，不如释放他们。”于是贾谧就告诉洛阳县令曹摅把他们释放。乐广因擅自放人而受处罚。太子到了许昌，给妃子王珂苏去信，说了前后经过，而妃子的父亲王衍看到之后不敢把信上报晋惠帝。

二月，群情激愤。初六右卫督司马雅、常从督许超，都曾经在太子东宫任过职，与殿中中郎士猗等图谋废黜贾皇后，恢复太子的地位。因为张华、裴頠希望只保住自己的地位，不与他们合作，而右军将军赵王司马伦掌握兵权，性情贪楚冒失，能够借用他的力量完成此事。于是司马雅，许超劝孙秀说：“皇后凶暴嫉妒为非作歹，与贾谧等人勾结诬陷并废黜太子。现在国家没有正承，社稷之危，而您名分上是在皇后的中宫任职，与贾氏、郭氏亲密要好，太子的废黜，都说您事先就知道了，一旦开始，祸患一定会牵连到您，为什么不先考虑废黜皇后呢？”孙秀答应此事，又告诉了司马伦，司马伦也接受了这个建议，于是告诉了通事令史张林和省事张衡等人，让他们在宫内接应。

将要行事时，孙秀对司马伦说：“太子聪明而刚愎凶猛，如果让他回到东宫，一定不肯受别人的约束。您一直讨好贾南风，路人皆知，今天即使为太子立下大功，太子也会说您只是迫于百姓的愿望，才反过来协助太子以求免受惩罚罢了，您即使忍气吞声。太子也不能感激您，如果现在事情出现纰漏，您万一被害，不如拖延时间，这期间贾后会杀害太子，那时您再出来废黜皇后，为太子报仇，不只除杀贾后，而且还可以掌握朝中大权。”司马伦认同孙秀之意。

孙秀就派人挑拨离间，散布说殿中的人图谋废黜贾皇后，重立太子。贾后多次派宫女换上平民的衣服到民间探听察看。听到这些流言后非常害怕。司马伦、孙秀就劝说贾谧，贾午，赵粲人尽快除掉太子，断绝太子一党的希望。二十二日，贾后让太医令程据配制毒药，假称惠帝的诏令让黄门孙虑到许昌毒杀太子。太子被废黜后，就担心被毒死，经常让刘振当自己的面煮饭。孙虑把事情告诉看守太子的刘振，于是刘振把太子搬迁到别的小房中，断绝了他的食品，太子宫人偷偷从墙上凿洞传递食物给太子。孙虑拿药逼迫太子服食，太子不肯吃，孙虑就用捣药的木杵在太子熟睡时打晕，再喂毒食。司马遹被暗害享年二十一岁。孙虑向朝廷请示以平民的礼仪埋葬太子，贾后奏请用广陵王的礼仪埋葬太子。梁王司马肜，齐王司马囧入城。

三月初关中饥荒人相食。初二赵王司马伦和孙秀打算征讨贾皇后，告诉了右卫飞督闾和，闾和同意，约定初三子时，以鼓声为号。初二亥时孙秀派司马雅告诉张华说：“赵王司马伦打算与您一起共同扶助朝廷。为天下除害，公可相助？”张华拒绝。司马雅说：“刀刃架脖，公依旧如此！”司马雅说完离去。到了子时，司马伦假称惠帝诏令，命令皇宫禁卫军三部司马说：“皇后与贾谧等人杀害朕的太子。现在派车骑将军进宫废黜皇后，你们都应该服从，事情结束，赐于关内侯。不从之人，诛三族。”宫人听从司马伦。又假称诏令骗开宫门，趁夜晚进去，将兵卒安排于南侧。派齐王带领一百兵士推开小门进去，华林园令骆休为应，接晋惠帝到东堂，用诏令宣召贾谧，贾午到殿前，要诛二人，贾午入殿看到赵王武卒后说：“妾一弱女子，只为他人传话，今尔等兵戈相向。何也？”然后被武卫所杀。贾谧慌乱跑到贾后园内，大呼：“姑后救我！”随即被追兵斩。贾皇后看到齐王问：“你齐王至此，所欲何图？”齐王司马冏说：“有诏令捕后。”皇后贾南风说：“诏从我出，哪有其他诏书！”贾南风随齐王到东堂，向晋惠帝说：“陛下有妻子，却让人废黜，汝之帝位不久矣。”司马衷说到：“赵王，梁王和东宫各官皆言，汝暗害太子，为乱朝纲。”贾后对司马衷说“汝愚痴至此，朝令皆出于我，汝愧为帝尊！”司马衷说道“汝乱朝，离间我亲。当去皇后之号！”贾后说道：“若非南风持政，足下之才岂会活至今日！诸王诸公必将挟汝而令天下！今欲谋我，神器将更易他人之手！”贾后穿皇后服镇静自若，压低声音问齐王说：“起事的是谁？”齐王司马冏心中一颤说道：“乃梁王和赵王所作。”贾后说：“系狗的狗链应该系狗的脖颈，却反倒系在狗的尾巴上，让狗反咬一口。此二人今图我也，如此必是早有预谋！”于是贾南风被废黜为民，囚禁于当年杨芷囚禁之处。又逮捕赵粲等人下狱，下诏逮捕贾氏党羽，宣召中书监、侍中、黄门侍郎等八部门的高级官员连夜入殿。尚书郎怀疑诏书是假的，尚书郎师景用公文奏请惠帝的亲笔诏书，司马伦持剑斩尚书郎师景后昭示大臣。不久，张华正白天卧床休息时，梦见房屋忽然倒塌，醒后心生厌恶。司马伦暗地与孙秀图谋篡夺皇位，打算先除掉朝中有名望的大臣，并且借机报复过去曾结怨的人，夜里便发生政变，司马伦诈称惠帝有诏召张华入宫，张华于是与裴頠一起被捕。张林就把张华、裴頠、解系、解结等人押到宫殿前。张华对张林说：“你想谋害忠臣吗？”张林声称惠帝在诏书中质问张华说：“你身为宰相，太子被废黜，却不能为气节而死，这是为什么呢？”张华说：“式乾殿前的争议，劝谏皇帝的过程全部都记录留存下来，可以复查。”张林说：“劝谏而不被采纳，为什么不辞官？”张华无言以对。于是把他们全部杀了，并诛杀三族。张华惨遭杀害，年六十九。解结的女儿已许配裴氏，第二天就要出嫁，但祸事来临，裴家打算认亲使她活下来，解结女儿说：“家既然已经这样，我还活着干什么！”于是也被牵连处死。朝廷因此商议革除旧的制度，女儿不跟随父母家处死。初四，司马伦坐于端门旁，派遣尚书和郁持符节把贬为平民的贾氏押送到金墉城，贾南风到了金墉城亲写《忧帝书》命其侍从回朝认罪时献给晋惠帝。司马伦诛杀了刘振、董猛、孙虑、程据等人。司徒王戎及在皇宫内外供职的官员，因是张华、裴頠等人的亲戚党羽而被牵连罢官免职的有很多人。阎缵抚摸着张华的尸体痛哭流涕地说：“劝告公而不肯，今天果不能免一死！”

于是赵王司马伦假称圣旨，赦免天下罪犯，自己担任持节都督、都督中外诸军事，相国、侍中等显要官职，完全模仿当年宣帝、文帝辅佐曹魏王朝时所为。设置一万府兵，让他的长子散骑常侍司马任冗从仆射。儿子司马馥为前将军，封为济阳王；司马虔为黄门郎，封为汝阴王；司马诩为散骑侍郎，封为霸城侯。对孙秀等人都封给大郡，并让他们掌握兵权，文武官员有几千人封侯，百官都维持自己的职务以听命于司马伦。司马伦品性平庸而愚蠢，不久又受制于孙秀。孙秀任中书令，权力威势震慑朝廷，全国大小官员相继攀附孙秀，而且处理政事时而用不着请示司马伦。

初六诏令恢复已故太子司马遹的爵位封号，派尚书和郁带领东宫的官员僚属到许昌迎接太子的遗体。封司马遹的弟弟司马臧为临淮王，封司马尚为襄阳王。司马允担任骠骑将军、开府仪同三司，统领中护军。司马伦奏报于晋惠帝：“尚书令王衍空占着大臣的位置，太子被陷害后，请求对王衍终身禁止做官。”晋惠帝批准。

相国司马伦想要笼络人心，选择任用德高望重之人。让前平阳太守李重、荥阳太守荀组担任左、右长史，东平人王堪、沛国人刘谟。束皙担任记室，曾任淮南王文学职的荀崧、殿中郎陆机担任参军。李重知道司马伦怀有篡国的异心，托病不朝。同年三月初七，任命梁王司马肜为太宰，左光禄大夫何劭为司徒。初八李重不堪负重不得已勉强任职，然后自缢身亡。

初九相国司马伦假传皇帝诏令派遣尚书刘弘送金屑毒酒赐给贾皇后，贾皇后说道：“天下诸王，如此惧我，滋辈小儿！我死之后，必篡天下。”饮后死于金墉城。时年四十五岁。